Rheticus kehrte zunächst nach Wittenberg zurück, folgte dann aber einem Ruf an die Universität Leipzig. Aus nicht ganz zu klärenden Gründen zog er weiter nach Prag. Dort beendete er sein Medizinstudium. Außerdem interessierte er sich immer mehr für Astrologie und die magischen Künste. Er übersetzte die Werke des Paracelsus, um sie auch in Polen und Ungarn bekannt zu machen. Das Interesse an den naturwissenschaftlichen Werken des Paracelsus stieß jedoch
in der Gelehrtenwelt auf ähnliche Ablehnung wie die Lehre des Kopernikus. Am 4.12.1574 starb Rheticus – unbemerkt von der wissenschaftlichen Gemeinde.