"Was sollt' ich nun aber studiren? - Das war eine große Frage.. Die meisten Stimmen entschieden für Theologie. [...] Als die Frage war, wo ich nun meine Studien fortsetzen sollte, [...] war bald für Wittenberg entscheiden. Diese Universität war meiner Heimat die nächste, und darum mir die liebste." (Meine Lebensreise, S. 25 und 67)

Nach Pfingsten 1782 nahm Wilhelm Traugott Krug ein Studium der Theologie in Wittenberg auf. In den ersten drei Semestern probierte er wohl die Freiheiten des Studentenlebens aus. Er studierte unter anderem bei Franz Volkmar Reinhard (1753-1812), dem Professor für Philosophie, der damals als Kanzelredner und Propst an der Schlosskirche aktiv war. In Krugs Erinnerungen wird Reinhard zu einem "väterlichen Freund" (Meine Lebensreise, S. 79). Schnell zeigte sich Krugs Können: Schon nach drei Jahren konnte er das Studium am 17. Oktober 1791 mit der Dotorwürde abschließen. Der Titel seiner Dissertation hieß "Principium, cui religionis christianae auctor doctrinam de moribus superstruxit". 

Reinhard ermutigte seinen Schüler, im Jahr 1792 für weitere Studien nach Jena zu Carl Leonhard Reinhold (1757-1823) und anschließend auch nach Göttingen zu gehen. In Göttingen veröffentlichte er seine bereits in Jena verfassten "Briefe über die Perfectibilität der geoffenbarten Religion". Erst zwei Jahre später wurde die Publikation in den einschlägigen Kreisen bekannt, mit seinem Namen verbunden und polemisch bekämpft.

Im  Herbst des Jahres 1794 habilitierte sich Krug an der Wittenberger Universität mit seiner Dissertation "De pace inter philosophos". Er wurde Privatdozent und hielt Vorlesungen im Fach Philosophie.